தமிழகக் கோயில்களின் நிர்வாகங்கள் எல்லாம் காலம்காலமாகப் பெரும் பணக்காரர்கள், பண்ணையார்களின் வசமே இருந்தன. அவர்களிடமிருந்து கையகப்படுத்துவதற்காக, சென்னை மாகாணத்தில் ஆட்சியில் இருந்த நீதிக்கட்சி, 1922-ம் ஆண்டு, இந்து அறநிலையச் சட்டம் ஒன்றை அறிமுகப்படுத்தியது. அது 1925-ம் ஆண்டு அமலுக்கு வந்ததையடுத்து, கோயில்கள் அரசு நிர்வாகத்துக்கு மாறின. 1927-ம் ஆண்டு இந்து சமய அறநிலைய வாரியம் அமைக்கப்பட்டது. 1951-ம் ஆண்டு இந்து சமய அறநிலையத் துறை உருவானது. நீதிமன்ற வழிகாட்டுதலை அடுத்து 1959-ம் ஆண்டு கொண்டுவரப்பட்ட சட்டத்தின்படி தமிழக அரசின் ஓர் அங்கமாக இந்து சமய அறநிலையத்துறை மாறியது.
திருக்கோயில்களை முறைப்படுத்தி, அவற்றை நிர்வகிப்பதற்கென தனி அமைச்சகத்தை உருவாக்கியவர் கருணாநிதி. 1971-ம் ஆண்டு முதன்முதலாக அறநிலையத்துறை அமைச்சராக எம்.கண்ணப்பனை நியமித்தார். கருணாநிதியின் முதல் ஆட்சிக்காலத்தில், திருக்கோயில் வருமானங்களில் குழந்தைகளுக்கான கருணை இல்லங்கள், பிச்சைக்காரர் மறுவாழ்வு இல்லங்களை அமைத்தார்.
தந்தை பெரியார் இருந்தபோதே பரம்பரை அர்ச்சகர் முறையை ஒழித்து தகுதி அடிப்படையில், அனைத்துச் சாதியினரும் அர்ச்சகராகலாம் என்று (2.12.1970) சட்டம் இயற்றினார் கருணாநிதி. உடனே சில அமைப்பினர் உச்சநீதிமன்றத்தில் வழக்கு தொடர்ந்து, அந்தச் சட்டத்தை நிறுத்தினார்கள். 36 ஆண்டுகள் கழித்து, ‘அனைத்துச் சாதியினரும் தமிழ்நாட்டிலுள்ள இந்து சமயத் திருக்கோயில்களில் அர்ச்சகர் ஆகலாம்’ என்று தி.மு.க அரசு முடிவுசெய்து அவசரச் சட்டம் ஒன்றை, 12.8.2006 அன்று சட்டப் பேரவையில் கொண்டுவந்தது. அதன்படி சைவ, வைணவ ஆகமப் பாடங்களில் ஓராண்டு பட்டயம் பெற்ற 207 பேர் அர்ச்சகர்களாகத் தேர்வு செய்யப்பட்டனர். ஆனால், இன்றைக்கும் அது நடைமுறைப்படுத்தப்படாமல் சட்டச் சிக்கலில் இருக்கிறது.
திருக்கோயில்கள் மற்றும் திருமடங்களுக்குச் சொந்தமாக சுமார் ஐந்து லட்சம் ஏக்கர் நிலங்கள் இருக்கின்றன. இதில் பெரும்பாலான நிலங்கள் கருணாநிதி ஆட்சிக் காலத்தில் மீட்கப்பட்டவை. 2006-2008 காலகட்டத்தில் மட்டுமே கருணாநிதி அரசின் சார்பில் 2,190 திருக்கோயில்களில் திருப்பணி செய்யப்பட்டு, குட முழுக்கு விழாக்கள் நடைபெற்றன. 2006-11-ம் ஆண்டு வரையான 5 ஆண்டுகாலத்தில் மொத்தமாக 5,000 க்கும் மேற்பட்ட கோயில்களுக்குத் திருப்பணியும் குடமுழுக்கு விழாக்களும் நடத்தப்பட்டன. 240 திருக்கோயில் தேர்கள் புதுப்பிக்கப்பட்டன.
ஆசியாவின் பெரிய தேர்களில் ஒன்றாகப் போற்றப்படும் திருவாரூர் தியாகராஜர் கோயில் தேர் 1948-ம் ஆண்டுக்குப் பிறகு இயக்கப்படவில்லை. அதை பழுதுபார்த்து, புனரமைத்து 1970-ம் ஆண்டு மீண்டும் தேரோட்டத்தை நடத்தினார் கருணாநிதி. 25 ஆண்டுகளுக்குப் பின் நடந்த இந்தத் தேரோட்டத்தில் 3 லட்சம் கிலோ எடை கொண்ட பிரமாண்ட தேர் மக்கள் வெள்ளத்துக்கு மத்தியில் நகர்ந்தது. திருச்சி பெல் நிறுவனத்தின் ஹைட்ராலிக் பிரேக் கொண்ட, இரும்பினால் ஆன எந்திரத்தைக் கொண்டு தேர் இழுக்கப்பட்டது. மேலும் இந்தக் கோயிலின் நீலோத்பலாம்பாள் அம்மனுக்கு ரூ.30 லட்சம் செலவில் புதிதாகச் செய்யப்பட்ட தேரின் வெள்ளோட்டம் 27-4-2008 அன்று நடைபெற்றது.
தஞ்சைப் பெரிய கோயிலின் ஆயிரமாவது ஆண்டுவிழா 2010-ம் ஆண்டு செப்டம்பர் மாதம் 25, 26 ஆகிய நாள்களில் சிறப்புடன் கொண்டாடப்பட்டது. 2006-ம் ஆண்டு கிராமக் கோயில் பூசாரிகள் நலனுக்கென நல வாரியம் அமைக்கப்பட்டது. இந்த வாரியத்தில் 65,000 க்கும் மேற்பட்ட கிராமப் பூசாரிகள் உறுப்பினர்களாக இருந்தனர். அந்தப் பூசாரிகளின் வாரிசுகள் திருமணத்துக்கு நிதியுதவி, மகப்பேறு நிதி, படிப்பு உதவித்தொகை, ஈமச்சடங்கு நிதி போன்றவை வழங்கப்பட்டு வந்தன. 2008-ம் ஆண்டு திருக்கோயில்களில் புனரமைப்புப் பணிகள் செய்வதற்காக ஆண்டுதோறும் அரசாங்கம் வழங்கும் மானியத் தொகை 75 லட்சம் ரூபாயிலிருந்து மூன்று கோடி ரூபாயாக உயர்த்தப்பட்டது. புராதனச் சின்னங்கள் புனரமைப்புத் திட்டத்தின் கீழ் பல்வேறு ஆலயங்களில் இருந்த பழைமையான ஓவியங்கள், சிற்பங்கள் புதுப்பிக்கப்பட்டன.
கருணாநிதி ஆட்சிக்காலத்தில் பழைமையான சிலைகள் பலவும் மீட்கப்பட்டன. 2010-ம் ஆண்டு மட்டும் 11 சிலைகள் மீட்கப்பட்டன. ஒருமுறை சட்டமன்றத்தில் எதிர்க்கட்சியில் இருந்த கருணாநிதி “தாழ்த்தப்பட்ட மக்கள் கோயில் கருவறைக்குள் செல்ல உரிமை இல்லை” என்று வருத்தப்பட்டுப் பேசினார். “கோயிலுக்கே போகாத கருணாநிதிக்கு ஏன் இந்தக் கவலை?” என்றார் காங்கிரஸ் உறுப்பினர் அனந்தநாயகி. உடனே கருணாநிதி “கொலை செய்தவர்கள் மட்டுமா கோர்ட்டுக்குப் போகிறார்கள். வாதாடுபவர்களும்தானே போகிறார்கள்!” என்றார். எளிய மக்களின் வழிபாட்டுக்கு ஏற்றவகையில் கோயில்களை மாற்றியமைத்தவர் கருணாநிதி.
தமிழக மக்கள் தெய்வமாக வணங்கும் அண்ணன்மார் எனும் பொன்னர் சங்கரின் கதையை தனது அழகுத் தமிழில் வடித்துத் தந்தவர் கருணாநிதி. வைணவ ஆச்சாரியார் ஸ்ரீராமாநுஜரின் முற்போக்குச் சிந்தனைகளை ஒன்றிணைத்த கருணாநிதி தனது இலக்கிய கைவண்ணத்தில் ‘ராமாநுஜ காவியம்’ ஒன்றை இயற்றினார். அந்தக் காவியம் தொலைக்காட்சியில் வந்ததைப்பார்த்த திருப்பதி தேவஸ்தானம், அதை தெலுங்கில் ஒளிபரப்ப அனுமதி கேட்டது. அதற்கு சம்மதித்ததோடு அந்தத் தொடரை இலவசமாக மொழிமாற்றம் செய்துகொள்ளவும் அனுமதித்தார்.
கருணாநிதி தனது வீட்டைப் பொதுமக்கள் பயன்பாட்டுக்கான மருத்துவமனையாக மாற்ற ஒப்புதல் தந்து பேசும்போது இவ்வாறு குறிப்பிட்டார். “எனது பள்ளிப் பருவத்தில், திருவாரூர் கோயில் சுவர்களில் நடமாடும் கோயில் திருப்பணி என்று ஆங்காங்கே எழுதப்பட்டிருக்கும். நடமாடும் கோயில் திருப்பணி என்றால், நடமாடுகின்ற கோயில் கட்டப் போகிறார்கள் என்று அர்த்தமில்லை. மனிதனின் உடலே நடமாடும் கோயில். அதில் உண்டாகும் பிணிகளைத் தீர்ப்பதைத்தான் திருப்பணி என்கிறோம். நடமாடும் கோயில் திருப்பணி என்பது மருத்துவம்தான் என்று எனது ஆசிரியர் சொன்னார். அந்த நடமாடும் கோயில் திருப்பணியைத்தான் தி.மு.க ஆட்சிக்கு வரும்போதெல்லாம் செய்கிறது” என்றார். அதுதான் கருணாநிதி!